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Coriolis 应用:亚南极空气病毒宏基因组研究

发布人: 来源: 发布时间:2026-08-18 23:38:45


图 1  Coriolis μ 与 Coriolis Compact 在南乔治亚岛野外环境中的采样现场。


    导语 在远离大陆、寒冷多风、低生物量的亚南极岛屿上,空气中的病毒并非不可触及。Das 等人在 Frontiers in Microbiology 发表的研究利用 Bertin Coriolis μ(湿式采样)和 Coriolis Compact(干式采样)等设备,对南乔治亚岛近地表空气中的 DNA 病毒进行宏基因组解析。研究显示,湿式 Coriolis μ 在本场景中获得最多病毒 scaffold;而 Coriolis Compact 的轻便、电池续航和干式采样特点,则为偏远地区长时间、低维护部署提供了重要补充。

一、背景介绍:


空气病毒研究的难点并不只是测序和数据库注释,更在于样品进入实验室之前的“第一公里”:空气中病毒颗粒浓度低、分布不均、易受风向、降雨、海浪破碎气溶胶和局地地形影响。尤其在南乔治亚岛这样的亚南极环境中,空气微生物和病毒信号往往处于低生物量状态,采样器是否能在有限时间内富集足够样本,会直接决定后续宏基因组分析能否展开。


本研究关注南大西洋南乔治亚岛的空气 DNA 病毒群落。该岛远离大陆,周边被海洋包围,是观察海洋—大气界面病毒迁移、远距离扩散和降雨沉降的理想自然场景。研究团队在海岸站点 King Edward Point(KEP,约 3 m 海拔)和内陆高海拔站点 Deadman’s Cairn / Lewis Pass(DMP,约 200 m 海拔)开展 7 天连续野外采样。


对于 Bertin Coriolis 系列而言,这项研究提供了一个非常有代表性的应用场景:偏远、寒冷、低浓度、现场电源有限,同时又要求样本能够衔接 DNA 提取和宏基因组测序。这正是高流量液相采样与便携干式采样两类策略需要共同发挥价值的地方。


 

图 2  南乔治亚岛与两个采样点位置示意。

二、研究方法


多采样器并行,比较湿式与干式 Coriolis 在野外病毒采样中的表现                
研究团队采用多方法采样设计:湿式 Coriolis μ、干式 Coriolis Compact、真空泵过滤采样器,以及雨水收集器。采样器均放置在离地约 1 m 的高度。由于 DMP 站点位于内陆高海拔位置且缺少外接电源,现场只能使用可依靠电池运行的 Coriolis μ 与 Coriolis Compact,这一点凸显了便携设备在极地和亚极地野外研究中的部署价值。


 

图 3  本研究的空气病毒宏基因组采样与分析流程示意。

 
  Coriolis μ / Micro:液相高流量采样,快速获得可进入分子检测的样本
论文中的 Coriolis μ 为湿式旋风采样设备。现场采样时,气溶胶颗粒被收集到 nuclease-free water 中;采样结束后,研究人员对采样锥进行涡旋处理,再通过 0.2 μm cellulose nitrate membrane filter 过滤,随后使用 PowerSoil kit 提取 DNA 并进行 shotgun metagenomics 测序。


 ●应用方法:预先加入采样液;高流量采集空气颗粒;采后涡旋回收液相样本;过滤、浓缩并进入 DNA/RNA 提取或 qPCR/NGS 等流程。
 ●方法优势:液相输出减少了干式颗粒再洗脱的不确定性,适合需要快速进入分子检测的病原体、微生物和病毒气溶胶样本。
 ●产品能力:Bertin 官方资料显示,同类液相旋风平台 Coriolis+ / Coriolis Micro 具备最高 300 L/min 的高流量,可将病毒颗粒收集到用户选择的液体中,并兼容 qPCR、microarray、NGS 等快速微生物分析方法。

 
  Coriolis Compact:干式轻便采样,适合长时间、低维护和偏远现场部署  
Coriolis Compact 在论文中作为干式旋风采样器使用。样品采集后,研究人员用 15 mL DNA/RNase-free water 对采样锥进行重悬,手动摇匀并涡旋,再进入与湿式样本一致的过滤和 DNA 提取流程。


 ●应用方法:安装一次性干式采样锥;按设定流量和采样周期运行;采后加入适配下游检测的缓冲液或保存液重悬;样品可用于培养、PCR/qPCR、NGS 等分析。
 ●方法优势:无需现场管理采样液,设备轻便,适合寒冷、偏远、移动式或多点位部署;用户可根据目标物选择重悬体积和保存体系。  
 ●产品能力:Bertin 官方资料显示,Coriolis Compact 重量约 1.2 kg,流量 50 L/min,采集粒径范围 500 nm–10 μm,电池续航最长 8 h,采用干式采集并兼容 Culture、PCR、qPCR 和 NGS。

三、结果:空气微生物群落高度动态,采样器表现形成互补


湿式 Coriolis μ 获得最高病毒 scaffold 产出,采样器选择影响病毒发现结果                
研究共获得 60 个长度大于 3 kb 的 assembled viral scaffolds / vOTUs。其中,湿式 Coriolis μ 获得 30 个,是真正主动空气采样器中表现最突出的设备;Coriolis Compact 获得 1 个;过滤泵获得 7 个;雨水收集器获得 22 个。进一步筛选后,研究团队对 39 个长度大于 5 kb 的 vOTUs 进行了系统分析。


 

图 4  不同采样方式获得的病毒 scaffold 数量。湿式 Coriolis μ 在本研究中产出最高。

关键发现 在低生物量、低浓度的亚南极空气病毒宏基因组研究中,Coriolis μ 的液相高流量采样明显提高了病毒 scaffold 的获得能力。对于需要将空气样本快速转化为可测序、可 PCR 检测样本的研究,液相旋风采样具有方法学优势。

 
空间分布方面,海岸 KEP 站点获得 43 个 viral scaffolds,而内陆高海拔 DMP 站点获得 17 个;在 39 个核心 vOTUs 中,11 个在两个站点共享,19 个只在海岸站点出现,9 个只在内陆高海拔站点出现。这说明空气病毒群落不仅受采样器影响,也受到距海远近、地形和局地气象条件影响。


蛋白聚类结果进一步显示,39 个 vOTUs 中有 15 个与已知海洋病毒或海洋宿主病毒存在相似性,包括与 cyanophage、Flavobacterium phage、Cellulophaga phage 等相关的序列。研究还发现与光合作用和 UV 损伤保护相关的病毒蛋白同源物,这些同源物在 Tara Oceans / Ocean Gene Atlas 数据集中显示出跨大洋分布,提示空气病毒可能与海洋微生物适应和海洋—大气生态过程存在关联。

四、讨论


Coriolis 系列如何支撑空气病毒与生物气溶胶研究                
这项研究最直接的应用启示是:采样器并不是中性的“容器”,而是空气病毒研究设计的一部分。不同采样器会改变样本富集效率、颗粒回收方式、核酸保存状态以及与下游分析的兼容性,从而影响最终能够组装和识别的病毒群落。


1. 为什么 Coriolis μ 在本研究中表现突出?                
Coriolis μ 的优势来自三个方面。第一,高流量使其能够在较短时间内处理更大体积空气,这对于低浓度病毒气溶胶尤为关键。第二,湿式旋风采样将颗粒直接转移到液体中,有利于后续均质、分装、过滤和核酸提取。第三,液体样本天然适配 qPCR、microarray、NGS、免疫检测和培养等多种分析路径,缩短了从现场采样到实验室检测的转换链条。                
在本研究中,湿式 Coriolis μ 获得 30 个 viral scaffolds,是空气主动采样设备中产出最高者。这一结果并不只是说明“采得更多”,更说明在极低生物量的环境病毒组学研究中,液相高流量采样可以显著提升后续宏基因组分析的可行性。


2. 如何理解 Coriolis Compact 在本研究中的角色?                
Coriolis Compact 在本研究中的病毒 scaffold 产出较低,但这并不意味着其应用价值有限。相反,它承担的是另一类采样任务:在现场电源有限、需要长时间覆盖、需要便携部署或需要自定义重悬液的场景中,干式采样可以显著降低操作复杂度。                
Coriolis Compact 的核心优势是轻量化、长续航和干式样本管理。它特别适合室内外空气质量监测、偏远生态站点、军警应急、医院与公共空间生物气溶胶筛查、食品和制药生产环境监测等场景。对于病毒核酸检测,采后可用核酸保护液、Trizol 或其他适配缓冲液重悬,从而针对 RNA/DNA 稳定性和检测灵敏度进行优化。


 

图 5  Coriolis μ / Micro 与 Coriolis Compact 的应用策略比较。


3. 最优方案不是二选一,而是按研究问题组合使用                
对于空气病毒宏基因组研究,推荐将 Coriolis μ 作为短时高通量液相采样主力,用于提高低浓度病毒样本的可检出性;将 Coriolis Compact 作为长时积分和多点位部署工具,用于增加时间覆盖和现场代表性。在降雨或云雾条件明显的研究中,可同步使用雨水收集器,以区分气溶胶悬浮群落与降水洗脱群落。                
同时,研究者应将采样液/重悬液、采样时长、流量、过滤孔径、现场空白、提取空白、样本保存温度和气象参数纳入统一质控体系。对于低生物量样本,任何微小的回收效率差异或核酸降解都可能放大为明显的群落差异。

五、结论


从空气采样到生态发现,Coriolis 帮助打开环境病毒监测的新窗口                
Das 等人的南乔治亚岛研究显示,即使在偏远、寒冷、低生物量的亚南极环境中,空气中仍可检测到多样化 DNA 病毒群落,并可通过宏基因组学追踪其海洋来源、潜在宿主和功能线索。研究结果强调,海洋并不止于水体边界;通过 sea spray aerosol、风场输送和降雨沉降,海洋病毒和相关遗传信息也可能进入大气生态过程。                
对于 Bertin Coriolis 系列而言,这项研究展示了两种互补采样策略的价值:Coriolis μ / Micro 以液相高流量采样提升低浓度病毒检测和测序产出,适合快速、灵敏、可直接衔接分子检测的应用;Coriolis Compact 以干式轻便、长续航和自定义重悬能力支持偏远现场、长时间监测和多场景部署。                
在空气传播病原体监测、环境微生物组研究、极地与海洋大气研究、制药和食品生产环境控制、医院与公共空间生物污染评估等应用中,Coriolis 系列可作为从“空气中的颗粒”到“可分析的生物样本”的关键桥梁。